Rumah Sakit Umum Daerah Kota Depok merupakan salah satu Rumah Sakit milik Pemerintah yang ada di Kota Depok. Berdasarkan Keputusan Menteri Kesehatan Nomor 429/Menkes/Sk/V/2008 tanggal 2 Mei 2008 tentang penetapan kelas RSUD Kota Depok dan Keputusan Kepala Dinas Kesehatan Provinsi Jawa Barat Nomor 503/SK.11968-Yankes/2007 tentang izin sementara menyelenggarakan Rumah Sakit Kepada Pemerintah Kota Depok, maka RSUD Kota Depok mulai beroperasi sebagai rumah sakit kelas C pada tanggal 17 April 2008.

Pada awal operasionalnya, RSUD Kota Depok merupakan Unit Pelaksana Teknis (UPT) Dinas Kesehatan Pemerintah Daerah Kota Depok dan pada 31 Desember 2009 berdasarkan Peraturan Daerah Nomor : 8 tahun 2008 RSUD Kota Depok telah berdiri sendiri menjadi Organisasi Perangkat Daerah (OPD) di Kota Depok. Pada tahun 2011, berdasarkan Keputusan Walikota Depok Nomor 903/454/Kpts/Bapp/Huk/2011, Peraturan Walikota Depok Nomor 46 Tahun 2011, Peraturan Walikota Depok Nomor 47 Tahun 2011 dan Peraturan Walikota Depok Nomor 48 Tahun 2011, RSUD Kota Depok ditetapkan sebagai Badan Layanan Umum Daerah. Hal ini berarti RSUD Kota Depok berhak atas pengelolaan keuangan dan pegawainya.

Berdasarkan Keputusan Wali Kota Nomor 80 Tahun 2021 tentang Pembentukan, kedudukan, susunan organisasi, tugas dan fungsi serta tata kerja Rumah Sakit Umum Daerah Kota Depok, RSUD Kota Depok sebagai salah satu Perangkat Daerah berubah menjadi Unit Organisasi Bersifat Khusus pada OPD Dinas Kesehatan. Pada akhir tahun 2022 berdasarkan Keputusan Wali Kota Depok Nomor: 445/389/Kpts/RSUD/Huk/2022 RSUD Kota Depok berganti nama menjadi RSUD Khidmat Sehat Afiat Kota Depok. Pergantian nama ini diresmikan tahun 2022 berdasarkan Keputusan tersebut.